Korrekt:
Der Infinitiv Perfekt Aktiv bei Infinitivkonstruktionen wird wie folgt gebildet:
Partizip II + „zu haben“ ODER „zu sein“
Ergo:
Marie scheint inzwischen seine Fähigkeiten [zu]* schätzen gelernt zu haben.
[zu] = optional
* www.duden.de/rechtschreibung/schaetzen