> Er konnte sich beim besten Willen nicht erklären(,)
> warum, denn Jan war sehr nett zu ihm.
Das Komma ist richtig, denn das einzelne Wort warum ersetzt hier hier einen kompletten Satz ( ..., warum das so ist, denn Jan ...). Wenn du den Gesamtsatz einmal laut liest, müsstest du auch die deutliche Sprechpause nach erklären hören.
Gruß von Kai