Variante 2. Warum?
Die Präposition statt regiert eigentlich den Genitiv; dieser ist im Plural jedoch häufig unmarkiert, so dass man, wenn - wie hier - ein entsprechender Artikel fehlt, den Dativ verwendet.
2. Statt Lernmodulen werden im Bereich E-Learning in letzter Zeit zunehmend Wissensnuggets eingesetzt.
Alternative:
Statt der Lernmodule werden ...
Deklination des Substantivs Modul (Neutrum)
Singular:
das Modul
des Moduls
dem Modul
das Modul
Plural:
die Module
der Module
den Modulen
die Module
Beste Grüße
Vollprofi