Sie war nett gewesen und hatte mich weder geärgert noch hatte sie Andeutungen gemacht.
(Falsche Inversion vermeiden!)
Wenn selbstständige Sätze mit und, oder, beziehungsweise/bzw., entweder – oder, nicht – noch oder mit weder – noch verbunden sind, schreibt man im Prinzip kein Komma (siehe oben). Es ist aber möglich, ein Komma zu benutzen, um die Gliederung des Ganzsatzes zu verdeutlichen (§73).
www.canoo.net/services/GermanSpelling/Regeln/Interpunktion/Komma/Aufzaehlung.html
Ich würde deshalb das Komma vorziehen:
Sie war nett gewesen und hatte mich weder geärgert, noch hatte sie Andeutungen gemacht.