Hier irrt der Etymologie-Duden; es mag sein, dass das Wort über das Französische ins Deutsche gelangt ist, aber die Wortherkunft ist wesentlich älter. Die quarantia qiorni, die vierzig Tage, die Leute von fremden Schiffen zur Verhinderung der Einschleppung von Seuchen auf der Insel Lazzaretto nuovo verbringen mussten, galten bereits im 14. Jahrhundert in der Republik Venedig. Und im Italienischen / Venezianischen wird "qu" nun mal als "kw" ausgesprochen.
Hier bei uns in Ostösterreich kenne ich nur die Aussprache mit "kw", was vielleicht daran liegen mag, dass uns aufgrund der k.&.k.-Zeit, als Triest, Pola, Fiume, Spalato, Ragusa oder Cattaro Häfen der österreichischen Marine waren, die italienische Aussprache viel näher liegt.
Fazit: Ob man "Karantäne" oder "Kwarantäne" sagt, hängt also davon ab, ob man sich nach der französischen oder italienischen Aussprache richtet.