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> In der Vergangenheit wies das Programm, in seiner Funktion
> als Unterstützung bei internen Prozessen, vermehrt Fehler auf.

Ich würde keine Kommas setzen. Das Programm wies doch genau in dieser Funktion Fehler auf. Oder wies es auch in anderen Funktionen Fehler auf und die genannte dient nur als Beispiel? Dann würde ich nach dem ersten Komma noch ein "etwa" oder "z. B." einfügen.