> 1 Alles, wirklich alles an ihm, war peinlich.
eingeschobener Nebensatz, vorne und hinten Komma
> 2 Sie haben zugesehen, wie sich seine Augen verdrehten, wie er
> anfing zu zappeln, und haben gelacht.
zwei eingeschobene Nebensätze, vorne und hinten Komma, zwischen den beiden Nebensätzen auch, da kein „und“ dazwischen, sondern Aufzählung
> 3 Er betrachtet sein Büro, die verstreuten Unterlagen (,) und
> weiß nicht weiter. Kein Komma, da Aufzählung.
Kommt drauf an:
die verstreuten Unterlagen = zusätzliche Erklärung/Information = vorne und hinten Komma
falls Aufzählung = kein Komma