Diese veranschaulicht dann, dass die zentralen logistischen Fragen nicht nur gelöst wurden, sondern auch(,) wie sie in das System eingearbeitet wurden.
Der Satz taugt leider gar nix. Er muss in die Werkstatt:
Entweder so:
Diese veranschaulicht dann nicht nur, dass die zentralen logistischen Fragen [] gelöst wurden, sondern auch, wie sie in das System eingearbeitet wurden.
Oder so:
Diese veranschaulicht dann, dass die zentralen logistischen Fragen nicht nur gelöst [], sondern auch [] in das System eingearbeitet wurden.