Da sich Maulwürfe im Regelfall nur sehr selten über der Erde befinden, also fast immer in ihren Höhlen und Gängen unterwegs sind, würde ich (wo verkriechen sie sich) bevorzugen:
in den tiefsten Höhlen
Würden Maulwürfe generell eher draußen unterwegs sein, wäre mein Vorschlag (wohin verkriechen sie sich):
in die tiefsten Höhlen