Es handelt sich um die Verben "währen" und "wehren", Verben unterschiedlicher Herkunft und Bedeutung. Der Stammvokal wird nicht gleich ausgesprochen, als ä [ɛ] bzw. als è [e].
währen [ˈvɛːʀən]: mittelhochdeutsch wern, althochdeutsch werēn, zu mittelhochdeutsch wesen, althochdeutsch wesan (Wesen), eigentlich = dauernd sein
gewähren: mittelhochdeutsch (ge)wern, althochdeutsch (gi)werēn, wahrscheinlich zu "wahr"
wehren [ˈveːʀən]: mittelhochdeutsch wern, althochdeutsch werian, eigentlich = mit einem Flechtwerk, Schutz(wall) umgeben, verschließen, bedecken, schützen
verwehren: mittelhochdeutsch verwern, althochdeutsch firwerian
(Duden)
Siehe auch: Gewähr, Gewehr